При лечении кожных заболеваний (пиодермия, сикоз, фолликулиты, герпес, ожоги, панариции) метиленовый синий назначается наружно в виде смазываний (0,5–3% спиртовый раствор).
Очаги ограниченного нейродермита 1 раз в 3–4 дня обкалывают 2,5% раствором метиленового синего на 2% растворе новокаина (2–8 мл на одно обкалывание). При расположении поражений в аногенительной области концентрацию раствора снижают до 0,1–0,5%.
При уретритах и циститах для промываний уретры и мочевого пузыря используют водный раствор метиленового синего в разведении 1:5000 (0,02% раствор), а также внутрь по 0,1 г 3–4 раза в день.
При воспалительных процессах в мочевых путях (цистит, уретрит и др.) взрослым назначают внутрь порошок, по 0,1 г 3–4 раза в день; детям от 2 до 10 лет суточная доза препарата составляет 0,005–0,01 г на каждый год жизни и даётся в 3–4 приема.
Для лечения острых отравлений синильной кислотой, окисью углерода, сероводородом внутривенно вводят 50–100 мл 1% водного раствора метиленового синего на 25% растворе глюкозы (препарат Хромосмон).
Для лечения метгемоглобинемий (в том числе при отравлениях нитритами и анилином) препарат вводится внутривенно в малых дозах из расчета 0,05–0,15 мл 1% раствора метиленового синего на 1 кг массы тела (в среднем — 5–6 мл).