Настой цветков ромашки применяется внутрь в комплексной терапии при хронических гастритах, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, при заболеваниях печени и желчных путей, хроническом энтерите, хроническом колите, метеоризме, спазмах кишечника, поносах. Местно ромашку применяют при заболеваниях ЛОР-органов (фарингиты, тонзиллиты, ангина); при спастическом колите, геморрое, болезненных менструациях. В стоматологии настой ромашки используют при заболеваниях полости рта (стоматиты, гингивиты и т. д.). В дерматологии применяют ромашку внутрь при экземе, нейродермите, крапивнице, почесухе, красном плоском лишае, наружно – при лечении плохо заживающих ран, аллергических зудящих дерматозах.
В народной медицине настойку и отвар ромашки аптечной широко применяют при мигрени и бессоннице, катарах желудка, повышенной возбудимости, зубной боли и простудных заболеваниях. Настой используют для примочек и обмываний при нарывах, язвах, сыпях, воспалении век, фурункулах и потливости. Пары ромашки вдыхают при гриппе. В народе соцветия растения часто именуемые как «цвет ромашки» используют для приготовления паровых ванн, применяемых для борьбы с хроническим насморком, острыми и хроническими воспалениями слизистой оболочки носа и носоглотки.